Isu alam sekitar yang terbesar di Sulawesi adalah pembasmian hutan. Pada tahun 2007, saintis mendapati bahawa 80 peratus daripada hutan Sulawesi telah hilang atau dirosakkan, terutamanya berpusat di kawasan tanah rendah dan hutan bakau.[9] Hutan telah ditebang untuk pembalakan dan projek-projek pertanian besar. Kehilangan hutan telah menyebabkan banyak spesies endemik Sulawesi menjadi terancam. Di samping itu, 99 peratus daripada tanah lembap Sulawesi telah hilang atau rosak.

Lain-lain yang mengancam alam sekitar termasuk pemburuan daging liar (bushmeat hunting) dan perlombongan.[10]

Pulau Sulawesi mempunyai enam taman negara dan 19 kawasan simpanan alam semulajadi. Di samping itu, Sulawesi mempunyai tiga kawasan perlindungan marin. Banyak taman-taman Sulawesi diancam oleh pembalakan, perlombongan, dan pembasmian hutan untuk pertanian.[10]